کلیسای یوحنا مربوط به دوره صفوی است و در اصفهان، جلفا، خیابان خاقانی، کوچه چهارسو واقع شده و این اثر در تاریخ ۱۰ خرداد ۱۳۸۲ با شمارهٔ ثبت ۹۰۷۷ به‌عنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است. این بنا در سال ۱۶۲۱ میلادی ساخته شده است.